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@@ -7,6 +7,105 @@
当前共收录约 20 个方向的 70+ 个数据集
目录
=================
* [肝脏](#肝脏)
* [LiTS](#lits)
* [Sliver07](#sliver07)
* [3D-IRCADB](#3d-ircadb)
* [CHAOS](#chaos)
* [TCGA-LIHC](#tcga-lihc)
* [MSD肝脏血管分割](#msd肝脏血管分割)
* [肺](#肺)
* [MSD肺脏分割](#msd肺脏分割)
* [LoLa11肺页分割](#lola11肺页分割)
* [StructSeg2019](#structseg2019)
* [肺部多病智能诊断](#肺部多病智能诊断)
* [CheXpert](#chexpert)
* [NIHChest Xray](#nihchest-xray)
* [QIN Lung CT](#qin-lung-ct)
* [4D-Lung](#4d-lung)
* [NSCLC-Radiomics](#nsclc-radiomics)
* [肺结核](#肺结核)
* [Shenzhen Hospital X-ray Set](#shenzhen-hospital-x-ray-set)
* [Montgomery County X-ray Set](#montgomery-county-x-ray-set)
* [肺炎](#肺炎)
* [Ieee8023](#ieee8023)
* [covid19-ct-scans](#covid19-ct-scans)
* [COVID-CT](#covid-ct)
* [Figure1-COVID-chestxray-dataset](#figure1-covid-chestxray-dataset)
* [RSNA肺炎检测](#rsna肺炎检测)
* [CovidX](#covidx)
* [Flyai Covid](#flyai-covid)
* [covid19-radiography-database](#covid19-radiography-database)
* [COVID-19-AR](#covid-19-ar)
* [CT Images in COVID-19](#ct-images-in-covid-19)
* [肺结节](#肺结节)
* [LIDC-IDRI](#lidc-idri)
* [LUNA16](#luna16)
* [天池肺部结节](#天池肺部结节)
* [LNDB](#lndb)
* [Lung Nodule Malignancy](#lung-nodule-malignancy)
* [Data Science Bowl 17](#data-science-bowl-17)
* [Lung-PET-CT-Dx](#lung-pet-ct-dx)
* [气胸](#气胸)
* [SIIM-ACR Pneumothorax Segmentation](#siim-acr-pneumothorax-segmentation)
* [乳腺癌](#乳腺癌)
* [CBIS-DDSM](#cbis-ddsm)
* [QIN Breast](#qin-breast)
* [Rider Breast MRI](#rider-breast-mri)
* [ACRIN 6688](#acrin-6688)
* [BraTS2015](#brats2015)
* [脑](#脑)
* [MSD脑瘤分割](#msd脑瘤分割)
* [MSD海马体分割](#msd海马体分割)
* [Iseg2019](#iseg2019)
* [ABIDE](#abide)
* [ADNI](#adni)
* [脑出血](#脑出血)
* [RSNA Intracranial Hemorrhage Detection](#rsna-intracranial-hemorrhage-detection)
* [肾脏](#肾脏)
* [Kits19](#kits19)
* [肠](#肠)
* [CT COLONOGRAPHY](#ct-colonography)
* [MSD肠道分割数据集](#msd肠道分割数据集)
* [心脏](#心脏)
* [EchoNet](#echonet)
* [MMWHS](#mmwhs)
* [MSD心脏分割](#msd心脏分割)
* [眼睛](#眼睛)
* [DRIVE](#drive)
* [ODIR-5k](#odir-5k)
* [FIRE 视网膜图像数据](#fire-视网膜图像数据)
* [STARE](#stare)
* [CHASE_DB1](#chase_db1)
* [细胞](#细胞)
* [Data Science Bowl 18](#data-science-bowl-18)
* [血细胞涂片分类](#血细胞涂片分类)
* [ISBI细胞跟踪](#isbi细胞跟踪)
* [骨骼](#骨骼)
* [MURA-1.1](#mura-11)
* [RSNA Bone Age](#rsna-bone-age)
* [膝盖](#膝盖)
* [MRNet](#mrnet)
* [脊椎](#脊椎)
* [Verse大规模脊椎分割数据集](#verse大规模脊椎分割数据集)
* [前列腺](#前列腺)
* [PANDA](#panda)
* [MSD前列腺分割](#msd前列腺分割)
* [QIN-PROSTATE-Repeatability](#qin-prostate-repeatability)
* [胰腺](#胰腺)
* [MSD胰腺分割](#msd胰腺分割)
* [PDMR-833975-119-R](#pdmr-833975-119-r)
* [皮肤](#皮肤)
* [SIIM-ISIC Melanoma Classification](#siim-isic-melanoma-classification)
* [VQA](#vqa)
* [PathVQA](#pathvqa)
* [医学影像数据库](#医学影像数据库)
* [参考项目/列表](#参考项目列表)
* [贡献者](#贡献者)
* [Release Note](#release-note)
# 肝脏
@@ -15,11 +114,11 @@
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [LiTS](https://competitions.codalab.org/competitions/17094) | 肝脏/肝脏肿瘤 | 分割 | CT | 130+70 | 0/1标签 | nii | [CC 4.0](https://competitions.codalab.org/competitions/17094#learn_the_details-terms_and_conditions) |
| [LiTS](https://competitions.codalab.org/competitions/17094) | 肝脏/肝脏肿瘤 | 分割 | CT | 131+70 | 0/1标签 | nii | [CC 4.0](https://competitions.codalab.org/competitions/17094#learn_the_details-terms_and_conditions) |
![lits](./static/lits.jpg)
<img src="./static/lits.jpg" width="50%"/>
LiTS数据集包含130组训练数据和70组测试数据，其中70组测试数据标签不公开。LiTS训练集中包含3DIRCADB中的所有数据，所以如果合并多个数据集不要合并这两个。
LiTS数据集包含131套训练扫描和70组测试数据，其中70组测试数据标签不公开。LiTS训练集中包含3DIRCADB中的所有数据，所以如果合并多个数据集不要合并这两个。Medical Segmentation Decathlon中肝脏分割的数据集就是LiTS。
分割结果可以在线提交进行评估，[在线提交方法参考](https://github.com/PatrickChrist/LITS-CHALLENGE)。 [在线提交地址](https://competitions.codalab.org/competitions/17094)
@@ -36,7 +135,8 @@ LiTS数据集包含130组训练数据和70组测试数据，其中70组测试数
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [Sliver07](https://sliver07.grand-challenge.org/) | 肝脏 | 分割 | CT | 20+10 | 0/1标签 | MetaImage | [Other](https://zenodo.org/record/2597908) |
![liver.png](https://i.loli.net/2020/11/21/iuOqFTteKUlnNVZ.png)
<img src="https://i.loli.net/2020/11/21/iuOqFTteKUlnNVZ.png" width="50%"/>
这个数据集比较老了，现在用的也比较少，一些研究会将sliver和lits合起来，这样基本上就是所有常用的关于肝脏分割的公开数据了。mhd格式可以用 SimpleITK 读，在medseg项目中有[转换成nii的脚本](https://github.com/linhandev/medSeg/blob/main/tool/train/mhd2nii.py)
@@ -45,21 +145,23 @@ LiTS数据集包含130组训练数据和70组测试数据，其中70组测试数
## 3D-IRCADB
[//]: # (FIN)
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| 3D-IRCADb [01](https://www.ircad.fr/research/3d-ircadb-01/) [02](https://www.ircad.fr/research/3d-ircadb-01/) | 肝脏/肝肿瘤 | 分割 | CT | 20+2 | surface mesh | dcm |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| 3D-IRCADb [01](https://www.ircad.fr/research/3d-ircadb-01/) [02](https://www.ircad.fr/research/3d-ircadb-01/) | 肝脏/肝肿瘤 | 分割 | CT | 20+2 | surface mesh | dcm | CC |
<img src="./static/3Dircadb.jpg" width="80%"/>
![3D-IRCADB](./static/3Dircadb.jpg)
3D-IRCADb是比较早的一个数据集，有两个子集，分别包含20组和2组CT片子。
[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/10293)
## CHAOS
[//]: # (FIN)
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [CHAOS](https://chaos.grand-challenge.org/) | 肝/肾/脾 | 分割 | CT+MRI | 40CT+120MRI | 0/1标签 | dcm |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [CHAOS](https://chaos.grand-challenge.org/) | 肝/肾/脾 | 分割 | CT+MRI | 40CT+120MRI | 0/1标签 | dcm | [CC 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/legalcode) |
CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。
@@ -68,10 +170,11 @@ CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。
[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/23864)
## TCGA-LIHC
[//]: # (FIN)
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [TCGA-LIHC](https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/TCGA-LIHC) | 肝 | | CT/MR/PT | 97患者/237套 | 无标签 | dcm |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [TCGA-LIHC](https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/TCGA-LIHC) | 肝 | | CT/MR/PT | 97患者/237套 | 无标签 | dcm | [Other](https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/Data+Usage+Policies+and+Restrictions) |
![tcga-lihc](./static/tcga-lihc.jpg)
@@ -79,9 +182,9 @@ CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。
## MSD肝脏血管分割
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD肝脏血管分割](http://medicaldecathlon.com/) | 肝脏血管 | 分割 | CT | 443 | 0/1 | nii |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD肝脏血管分割](http://medicaldecathlon.com/) | 肝脏血管 | 分割 | CT | 443 | 0/1 | nii | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) |
![hepatic-Vessels](./static/Hepatic-Vessels.png)
@@ -90,9 +193,9 @@ CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。
# 肺
## MSD肺脏分割
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD肺脏分割](http://medicaldecathlon.com/) | 肺脏 | 分割 | CT | 96 | 0/1 | nii |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD肺脏分割](http://medicaldecathlon.com/) | 肺脏 | 分割 | CT | 96 | 0/1 | nii | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) |
![Lung-Tumours](./static/Lung-Tumours.png)
@@ -100,20 +203,27 @@ CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。
## LoLa11肺页分割
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [LoLa11](https://lola11.grand-challenge.org/) | 左右肺/肺页 | 分割 | CT | | 0/1标签 | Metaimage |
[//]: # (FIN)
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [LoLa11](https://lola11.grand-challenge.org/) | 左右肺/肺页 | 分割 | CT | 55 | 0/1标签 | Metaimage | [Other](https://zenodo.org/record/4708800) |
![lola11](https://grand-challenge-public.s3.amazonaws.com/f/challenge/39/c4ab1b11-3338-4b99-a732-174ddc9e3b70/lola11_web.png)
55组扫描的肺页分割，包含左右肺，左上，左下，右上，右中，右下肺页的标注。
[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/30417)
[zenodo下载](https://zenodo.org/record/4708800)
[//]: # (30417)
## StructSeg2019
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [StructSeg2019](structseg2019.grand-challenge.org) | | | | | | |
| [StructSeg2019](https://structseg2019.grand-challenge.org/) || |||||
![structseg2019](https://grand-challenge-public.s3.amazonaws.com/b/398/banner2_XdYKwmN.jpg)
## 肺部多病智能诊断
@@ -122,8 +232,7 @@ CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。
| - | - | - | - | - | - | - |
| [肺部多病智能诊断](https://tianchi.aliyun.com/competition/entrance/231724/) | | | CT | | | |
[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/34323)
[//]: # (34323)
## CheXpert
@@ -316,12 +425,11 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957)
### 天池肺部结节
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [天池肺部结节](https://tianchi.aliyun.com/competition/entrance/231601/introduction) | | | | | | |
[训练集](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetDetail/20000) [测试集](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/10063)
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [天池肺部结节](https://tianchi.aliyun.com/competition/entrance/231601/introduction) | | | | | | | [Custom](https://tianchi.aliyun.com/competition/entrance/231601/introduction) |
[//]: # (训练：https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetDetail/20000 测试 : https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/10063)
### LNDB
@@ -410,9 +518,9 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957)
## MSD脑瘤分割
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD Brain Tumor Segmentation](http://medicaldecathlon.com/) | 胶质瘤/肿瘤/水肿 | 分割 | MRI | 484 Train + 266 Test | 0/1 | nii |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD Brain Tumor Segmentation](http://medicaldecathlon.com/) | 胶质瘤/肿瘤/水肿 | 分割 | MRI | 484 Train + 266 Test | 0/1 | nii | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) |
![msd-brain](./static/msd-brain-tumor.png)
@@ -421,9 +529,9 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957)
## MSD海马体分割
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD Hippocampus Segmentation](http://medicaldecathlon.com/) | 海马体 | 分割 | MRI | 394 | 0/1 | nii |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD Hippocampus Segmentation](http://medicaldecathlon.com/) | 海马体 | 分割 | MRI | 394 | 0/1 | nii | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) |
![msd-hippocampus](./static/msd-hippocampus.png)
@@ -469,9 +577,9 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957)
## Kits19
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [Kits19](https://kits19.grand-challenge.org/) | 肾肿瘤 | 分割 | | | | | |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [Kits19](https://kits19.grand-challenge.org/) | 肾脏/肾肿瘤 | 分割 | | | | | |
![kits19](./static/kits19.png)
@@ -489,9 +597,9 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957)
## MSD肠道分割数据集
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD肠道分割数据集](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD肠道分割数据集](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) |
[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/10332)
@@ -501,7 +609,7 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957)
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [EchoNet](https://echonet.github.io/dynamic/index.html) | 心脏 | 分割 | MRI | 10300 | 0/1 | |
| [EchoNet](https://echonet.github.io/dynamic/index.html) | 心脏 | 分割 | MRI | 10300 | 0/1 | |
介绍论文： [EchoNet-Dynamic: a Large New Cardiac Motion Video Data Resource for Medical Machine Learning](https://echonet.github.io/dynamic/NeuroIPS_2019_ML4H%20Workshop_Paper.pdf)
@@ -517,9 +625,9 @@ mmwhs是心脏分割数据集，共有8类，MRI和CT两种模态 相关项目
## MSD心脏分割
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD心脏分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD心脏分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) |
[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/23911)
@@ -636,9 +744,9 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet
[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/36300)
# 膝盖
## 膝盖
## MRNet
### MRNet
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
@@ -646,6 +754,19 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet
[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/24584)
## 脊椎
### Verse大规模脊椎分割数据集
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [VerSe](https://github.com/anjany/verse) | 脊椎 | 分割 | | | | | [CC BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) |
<img src="./static/verse.png" width="50%"/>
[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/86496)
# 前列腺
## PANDA
@@ -655,9 +776,9 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet
## MSD前列腺分割
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD前列腺分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD前列腺分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) |
[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/23912)
@@ -674,9 +795,9 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet
# 胰腺
## MSD胰腺分割
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 |
| - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD胰腺分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | |
| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License |
| - | - | - | - | - | - | - | - |
| [MSD胰腺分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) |
[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/23914)
@@ -730,6 +851,10 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet
[胸部\肺部ct数据集](https://aistudio.baidu.com/aistudio/projectdetail/431782)
[医学影像分割挑战](http://medicaldecathlon.com/)
[//]: # (TODO: https://github.com/Awesome-Image-Registration-Organization/awesome-image-registration#21-datasets 配准)
[//]: # (TODO: )
[adalca](https://github.com/adalca/medical-datasets)
@@ -780,7 +905,8 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet
[//]: # (TODO: https://zhuanlan.zhihu.com/p/24634505 )
[//]: # (TODO: http://medicaldecathlon.com/)
# 贡献者
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