diff --git a/README.md b/README.md index 2934f74..608e635 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -7,6 +7,105 @@ 当前共收录约 20 个方向的 70+ 个数据集 +目录 +================= +* [肝脏](#肝脏) + * [LiTS](#lits) + * [Sliver07](#sliver07) + * [3D-IRCADB](#3d-ircadb) + * [CHAOS](#chaos) + * [TCGA-LIHC](#tcga-lihc) + * [MSD肝脏血管分割](#msd肝脏血管分割) +* [肺](#肺) + * [MSD肺脏分割](#msd肺脏分割) + * [LoLa11肺页分割](#lola11肺页分割) + * [StructSeg2019](#structseg2019) + * [肺部多病智能诊断](#肺部多病智能诊断) + * [CheXpert](#chexpert) + * [NIHChest Xray](#nihchest-xray) + * [QIN Lung CT](#qin-lung-ct) + * [4D-Lung](#4d-lung) + * [NSCLC-Radiomics](#nsclc-radiomics) + * [肺结核](#肺结核) + * [Shenzhen Hospital X-ray Set](#shenzhen-hospital-x-ray-set) + * [Montgomery County X-ray Set](#montgomery-county-x-ray-set) + * [肺炎](#肺炎) + * [Ieee8023](#ieee8023) + * [covid19-ct-scans](#covid19-ct-scans) + * [COVID-CT](#covid-ct) + * [Figure1-COVID-chestxray-dataset](#figure1-covid-chestxray-dataset) + * [RSNA肺炎检测](#rsna肺炎检测) + * [CovidX](#covidx) + * [Flyai Covid](#flyai-covid) + * [covid19-radiography-database](#covid19-radiography-database) + * [COVID-19-AR](#covid-19-ar) + * [CT Images in COVID-19](#ct-images-in-covid-19) + * [肺结节](#肺结节) + * [LIDC-IDRI](#lidc-idri) + * [LUNA16](#luna16) + * [天池肺部结节](#天池肺部结节) + * [LNDB](#lndb) + * [Lung Nodule Malignancy](#lung-nodule-malignancy) + * [Data Science Bowl 17](#data-science-bowl-17) + * [Lung-PET-CT-Dx](#lung-pet-ct-dx) + * [气胸](#气胸) + * [SIIM-ACR Pneumothorax Segmentation](#siim-acr-pneumothorax-segmentation) +* [乳腺癌](#乳腺癌) + * [CBIS-DDSM](#cbis-ddsm) + * [QIN Breast](#qin-breast) + * [Rider Breast MRI](#rider-breast-mri) + * [ACRIN 6688](#acrin-6688) + * [BraTS2015](#brats2015) +* [脑](#脑) + * [MSD脑瘤分割](#msd脑瘤分割) + * [MSD海马体分割](#msd海马体分割) + * [Iseg2019](#iseg2019) + * [ABIDE](#abide) + * [ADNI](#adni) + * [脑出血](#脑出血) + * [RSNA Intracranial Hemorrhage Detection](#rsna-intracranial-hemorrhage-detection) +* [肾脏](#肾脏) + * [Kits19](#kits19) +* [肠](#肠) + * [CT COLONOGRAPHY](#ct-colonography) + * [MSD肠道分割数据集](#msd肠道分割数据集) +* [心脏](#心脏) + * [EchoNet](#echonet) + * [MMWHS](#mmwhs) + * [MSD心脏分割](#msd心脏分割) +* [眼睛](#眼睛) + * [DRIVE](#drive) + * [ODIR-5k](#odir-5k) + * [FIRE 视网膜图像数据](#fire-视网膜图像数据) + * [STARE](#stare) + * [CHASE_DB1](#chase_db1) +* [细胞](#细胞) + * [Data Science Bowl 18](#data-science-bowl-18) + * [血细胞涂片分类](#血细胞涂片分类) + * [ISBI细胞跟踪](#isbi细胞跟踪) +* [骨骼](#骨骼) + * [MURA-1.1](#mura-11) + * [RSNA Bone Age](#rsna-bone-age) + * [膝盖](#膝盖) + * [MRNet](#mrnet) + * [脊椎](#脊椎) + * [Verse大规模脊椎分割数据集](#verse大规模脊椎分割数据集) +* [前列腺](#前列腺) + * [PANDA](#panda) + * [MSD前列腺分割](#msd前列腺分割) + * [QIN-PROSTATE-Repeatability](#qin-prostate-repeatability) +* [胰腺](#胰腺) + * [MSD胰腺分割](#msd胰腺分割) + * [PDMR-833975-119-R](#pdmr-833975-119-r) +* [皮肤](#皮肤) + * [SIIM-ISIC Melanoma Classification](#siim-isic-melanoma-classification) +* [VQA](#vqa) + * [PathVQA](#pathvqa) +* [医学影像数据库](#医学影像数据库) +* [参考项目/列表](#参考项目列表) +* [贡献者](#贡献者) +* [Release Note](#release-note) + # 肝脏 @@ -15,11 +114,11 @@ | 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | | - | - | - | - | - | - | - | - | -| [LiTS](https://competitions.codalab.org/competitions/17094) | 肝脏/肝脏肿瘤 | 分割 | CT | 130+70 | 0/1标签 | nii | [CC 4.0](https://competitions.codalab.org/competitions/17094#learn_the_details-terms_and_conditions) | +| [LiTS](https://competitions.codalab.org/competitions/17094) | 肝脏/肝脏肿瘤 | 分割 | CT | 131+70 | 0/1标签 | nii | [CC 4.0](https://competitions.codalab.org/competitions/17094#learn_the_details-terms_and_conditions) | -![lits](./static/lits.jpg) + -LiTS数据集包含130组训练数据和70组测试数据，其中70组测试数据标签不公开。LiTS训练集中包含3DIRCADB中的所有数据，所以如果合并多个数据集不要合并这两个。 +LiTS数据集包含131套训练扫描和70组测试数据，其中70组测试数据标签不公开。LiTS训练集中包含3DIRCADB中的所有数据，所以如果合并多个数据集不要合并这两个。Medical Segmentation Decathlon中肝脏分割的数据集就是LiTS。 分割结果可以在线提交进行评估，[在线提交方法参考](https://github.com/PatrickChrist/LITS-CHALLENGE)。 [在线提交地址](https://competitions.codalab.org/competitions/17094) @@ -36,7 +135,8 @@ LiTS数据集包含130组训练数据和70组测试数据，其中70组测试数 | - | - | - | - | - | - | - | - | | [Sliver07](https://sliver07.grand-challenge.org/) | 肝脏 | 分割 | CT | 20+10 | 0/1标签 | MetaImage | [Other](https://zenodo.org/record/2597908) | -![liver.png](https://i.loli.net/2020/11/21/iuOqFTteKUlnNVZ.png) + + 这个数据集比较老了，现在用的也比较少，一些研究会将sliver和lits合起来，这样基本上就是所有常用的关于肝脏分割的公开数据了。mhd格式可以用 SimpleITK 读，在medseg项目中有[转换成nii的脚本](https://github.com/linhandev/medSeg/blob/main/tool/train/mhd2nii.py) @@ -45,21 +145,23 @@ LiTS数据集包含130组训练数据和70组测试数据，其中70组测试数 ## 3D-IRCADB [//]: # (FIN) -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| 3D-IRCADb [01](https://www.ircad.fr/research/3d-ircadb-01/) [02](https://www.ircad.fr/research/3d-ircadb-01/) | 肝脏/肝肿瘤 | 分割 | CT | 20+2 | surface mesh | dcm | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| 3D-IRCADb [01](https://www.ircad.fr/research/3d-ircadb-01/) [02](https://www.ircad.fr/research/3d-ircadb-01/) | 肝脏/肝肿瘤 | 分割 | CT | 20+2 | surface mesh | dcm | CC | + + -![3D-IRCADB](./static/3Dircadb.jpg) 3D-IRCADb是比较早的一个数据集，有两个子集，分别包含20组和2组CT片子。 [Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/10293) ## CHAOS +[//]: # (FIN) -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [CHAOS](https://chaos.grand-challenge.org/) | 肝/肾/脾 | 分割 | CT+MRI | 40CT+120MRI | 0/1标签 | dcm | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [CHAOS](https://chaos.grand-challenge.org/) | 肝/肾/脾 | 分割 | CT+MRI | 40CT+120MRI | 0/1标签 | dcm | [CC 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/legalcode) | CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。 @@ -68,10 +170,11 @@ CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。 [Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/23864) ## TCGA-LIHC +[//]: # (FIN) -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [TCGA-LIHC](https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/TCGA-LIHC) | 肝 | | CT/MR/PT | 97患者/237套 | 无标签 | dcm | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [TCGA-LIHC](https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/TCGA-LIHC) | 肝 | | CT/MR/PT | 97患者/237套 | 无标签 | dcm | [Other](https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/Data+Usage+Policies+and+Restrictions) | ![tcga-lihc](./static/tcga-lihc.jpg) @@ -79,9 +182,9 @@ CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。 ## MSD肝脏血管分割 -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [MSD肝脏血管分割](http://medicaldecathlon.com/) | 肝脏血管 | 分割 | CT | 443 | 0/1 | nii | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [MSD肝脏血管分割](http://medicaldecathlon.com/) | 肝脏血管 | 分割 | CT | 443 | 0/1 | nii | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) | ![hepatic-Vessels](./static/Hepatic-Vessels.png) @@ -90,9 +193,9 @@ CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。 # 肺 ## MSD肺脏分割 -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [MSD肺脏分割](http://medicaldecathlon.com/) | 肺脏 | 分割 | CT | 96 | 0/1 | nii | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [MSD肺脏分割](http://medicaldecathlon.com/) | 肺脏 | 分割 | CT | 96 | 0/1 | nii | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) | ![Lung-Tumours](./static/Lung-Tumours.png) @@ -100,20 +203,27 @@ CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。 ## LoLa11肺页分割 -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [LoLa11](https://lola11.grand-challenge.org/) | 左右肺/肺页 | 分割 | CT | | 0/1标签 | Metaimage | +[//]: # (FIN) + +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [LoLa11](https://lola11.grand-challenge.org/) | 左右肺/肺页 | 分割 | CT | 55 | 0/1标签 | Metaimage | [Other](https://zenodo.org/record/4708800) | + +![lola11](https://grand-challenge-public.s3.amazonaws.com/f/challenge/39/c4ab1b11-3338-4b99-a732-174ddc9e3b70/lola11_web.png) 55组扫描的肺页分割，包含左右肺，左上，左下，右上，右中，右下肺页的标注。 -[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/30417) +[zenodo下载](https://zenodo.org/record/4708800) + +[//]: # (30417) ## StructSeg2019 | 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | | - | - | - | - | - | - | - | -| [StructSeg2019](structseg2019.grand-challenge.org) | | | | | | | +| [StructSeg2019](https://structseg2019.grand-challenge.org/) || ||||| +![structseg2019](https://grand-challenge-public.s3.amazonaws.com/b/398/banner2_XdYKwmN.jpg) ## 肺部多病智能诊断 @@ -122,8 +232,7 @@ CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。 | - | - | - | - | - | - | - | | [肺部多病智能诊断](https://tianchi.aliyun.com/competition/entrance/231724/) | | | CT | | | | -[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/34323) - +[//]: # (34323) ## CheXpert @@ -316,12 +425,11 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957) ### 天池肺部结节 -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [天池肺部结节](https://tianchi.aliyun.com/competition/entrance/231601/introduction) | | | | | | | - -[训练集](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetDetail/20000) [测试集](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/10063) +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [天池肺部结节](https://tianchi.aliyun.com/competition/entrance/231601/introduction) | | | | | | | [Custom](https://tianchi.aliyun.com/competition/entrance/231601/introduction) | +[//]: # (训练：https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetDetail/20000 测试 : https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/10063) ### LNDB @@ -410,9 +518,9 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957) ## MSD脑瘤分割 -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [MSD Brain Tumor Segmentation](http://medicaldecathlon.com/) | 胶质瘤/肿瘤/水肿 | 分割 | MRI | 484 Train + 266 Test | 0/1 | nii | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [MSD Brain Tumor Segmentation](http://medicaldecathlon.com/) | 胶质瘤/肿瘤/水肿 | 分割 | MRI | 484 Train + 266 Test | 0/1 | nii | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) | ![msd-brain](./static/msd-brain-tumor.png) @@ -421,9 +529,9 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957) ## MSD海马体分割 -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [MSD Hippocampus Segmentation](http://medicaldecathlon.com/) | 海马体 | 分割 | MRI | 394 | 0/1 | nii | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [MSD Hippocampus Segmentation](http://medicaldecathlon.com/) | 海马体 | 分割 | MRI | 394 | 0/1 | nii | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) | ![msd-hippocampus](./static/msd-hippocampus.png) @@ -469,9 +577,9 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957) ## Kits19 -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [Kits19](https://kits19.grand-challenge.org/) | 肾肿瘤 | 分割 | | | | | | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [Kits19](https://kits19.grand-challenge.org/) | 肾脏/肾肿瘤 | 分割 | | | | | | ![kits19](./static/kits19.png) @@ -489,9 +597,9 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957) ## MSD肠道分割数据集 -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [MSD肠道分割数据集](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [MSD肠道分割数据集](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) | [Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/10332) @@ -501,7 +609,7 @@ Aistudio下载 [Part1](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/63957) | 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | | - | - | - | - | - | - | - | -| [EchoNet](https://echonet.github.io/dynamic/index.html) | 心脏 | 分割 | MRI | 10300 | 0/1 | | +| [EchoNet](https://echonet.github.io/dynamic/index.html) | 心脏 | 分割 | MRI | 10300 | 0/1 | | 介绍论文： [EchoNet-Dynamic: a Large New Cardiac Motion Video Data Resource for Medical Machine Learning](https://echonet.github.io/dynamic/NeuroIPS_2019_ML4H%20Workshop_Paper.pdf) @@ -517,9 +625,9 @@ mmwhs是心脏分割数据集，共有8类，MRI和CT两种模态 相关项目 ## MSD心脏分割 -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [MSD心脏分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [MSD心脏分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) | [Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/23911) @@ -636,9 +744,9 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet [Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/36300) -# 膝盖 +## 膝盖 -## MRNet +### MRNet | 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | | - | - | - | - | - | - | - | @@ -646,6 +754,19 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet [Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/24584) +## 脊椎 + +### Verse大规模脊椎分割数据集 + +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [VerSe](https://github.com/anjany/verse) | 脊椎 | 分割 | | | | | [CC BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) | + + + +[Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/86496) + + # 前列腺 ## PANDA @@ -655,9 +776,9 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet ## MSD前列腺分割 -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [MSD前列腺分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [MSD前列腺分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) | [Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/23912) @@ -674,9 +795,9 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet # 胰腺 ## MSD胰腺分割 -| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | -| - | - | - | - | - | - | - | -| [MSD胰腺分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | +| 名称 | 标注内容 | 类型 | 模态 | 数量 | 标签格式 | 文件格式 | License | +| - | - | - | - | - | - | - | - | +| [MSD胰腺分割](http://medicaldecathlon.com/) | | | | | | | [CC-BY-SA 4.0](https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/) | [Aistudio下载](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdetail/23914) @@ -730,6 +851,10 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet [胸部\肺部ct数据集](https://aistudio.baidu.com/aistudio/projectdetail/431782) +[医学影像分割挑战](http://medicaldecathlon.com/) + +[//]: # (TODO: https://github.com/Awesome-Image-Registration-Organization/awesome-image-registration#21-datasets 配准) + [//]: # (TODO: ) [adalca](https://github.com/adalca/medical-datasets) @@ -780,7 +905,8 @@ Aistudio下载 [2D+Time Datasets](https://aistudio.baidu.com/aistudio/datasetdet [//]: # (TODO: https://zhuanlan.zhihu.com/p/24634505 ) -[//]: # (TODO: http://medicaldecathlon.com/) + + # 贡献者 （按照首次贡献时间排序） diff --git a/static/verse.png b/static/verse.png new file mode 100644 index 0000000..f861eb2 Binary files /dev/null and b/static/verse.png differ