From d13f74c7452c68f083ca5dbc5d059d3544a555c8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "dependabot[bot]" <49699333+dependabot[bot]@users.noreply.github.com> Date: Mon, 17 Feb 2020 08:19:49 +0000 Subject: [PATCH 1/6] Bump werkzeug from 0.15.2 to 0.15.3 in /CTAI_model Bumps [werkzeug](https://github.com/pallets/werkzeug) from 0.15.2 to 0.15.3. - [Release notes](https://github.com/pallets/werkzeug/releases) - [Changelog](https://github.com/pallets/werkzeug/blob/master/CHANGES.rst) - [Commits](https://github.com/pallets/werkzeug/compare/0.15.2...0.15.3) Signed-off-by: dependabot[bot] --- CTAI_model/requirements.txt | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/CTAI_model/requirements.txt b/CTAI_model/requirements.txt index 0ff1bed..83b2ae6 100644 --- a/CTAI_model/requirements.txt +++ b/CTAI_model/requirements.txt @@ -1,5 +1,5 @@ Flask==1.1.1 -Werkzeug==0.15.2 +Werkzeug==0.15.3 pandas==0.23.4 numpy==1.15.0 Pillow==6.1.0 From a5b704ea61963b6969ce1d545f75036168bf8fb6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "dependabot[bot]" <49699333+dependabot[bot]@users.noreply.github.com> Date: Mon, 17 Feb 2020 08:19:50 +0000 Subject: [PATCH 2/6] Bump pillow from 6.1.0 to 6.2.0 in /CTAI_model Bumps [pillow](https://github.com/python-pillow/Pillow) from 6.1.0 to 6.2.0. - [Release notes](https://github.com/python-pillow/Pillow/releases) - [Changelog](https://github.com/python-pillow/Pillow/blob/master/CHANGES.rst) - [Commits](https://github.com/python-pillow/Pillow/compare/6.1.0...6.2.0) Signed-off-by: dependabot[bot] --- CTAI_model/requirements.txt | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/CTAI_model/requirements.txt b/CTAI_model/requirements.txt index 0ff1bed..1f417ed 100644 --- a/CTAI_model/requirements.txt +++ b/CTAI_model/requirements.txt @@ -2,7 +2,7 @@ Flask==1.1.1 Werkzeug==0.15.2 pandas==0.23.4 numpy==1.15.0 -Pillow==6.1.0 +Pillow==6.2.0 SimpleITK==1.2.2 matplotlib==3.1.1 numba==0.45.1 From a78ee70e770dfb35a7b585d216750f9343f90852 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?=E5=B0=8F=E9=93=AD?= <1223398803@qq.com> Date: Tue, 18 Feb 2020 11:44:31 +0800 Subject: [PATCH 3/6] Create .gitattributes --- .gitattributes | 3 +++ 1 file changed, 3 insertions(+) create mode 100644 .gitattributes diff --git a/.gitattributes b/.gitattributes new file mode 100644 index 0000000..ef3c98e --- /dev/null +++ b/.gitattributes @@ -0,0 +1,3 @@ + *.js linguist-language=python + *.vue linguist-language=python + *.html linguist-language=python From 9f5013e47f865e1bd2e6c5d3be1f33d77d2b1bde Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?=E5=B0=8F=E9=93=AD?= <1223398803@qq.com> Date: Tue, 18 Feb 2020 22:10:44 +0800 Subject: [PATCH 4/6] Create README.md --- README.md | 39 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 39 insertions(+) create mode 100644 README.md diff --git a/README.md b/README.md new file mode 100644 index 0000000..dd2ae8c --- /dev/null +++ b/README.md @@ -0,0 +1,39 @@ +# CTAI +基于深度学习的肿瘤辅助诊断系统 +系统以图像分割为核心，利用人工智能完成肿瘤区域的识别勾画并提供肿瘤区域的特征来辅助医生进行诊断。有完整的**模型构建、后端架设和前端访问**功能。 +医生只需通过web上传ct图像文件，后台就会使用训练好的模型进行肿瘤区域的分割，然后将勾画好肿瘤区域的图像返回，还有肿瘤区域的一些特征（如面积、周长、强度等），并且提供前几次诊断的特征数据并绘制成图表进行对比来辅助医生诊断。 + +## 环境 +- Python3.6 : **PyTorch , OpenCV , Flask** +- Vue , Vue CLI +- Node : **axios , ElementUI , ECharts** +- Chrome（内核版本60以上） + + +## 训练 +训练的数据来源于国外的数据集。因数据和精力有限只训练了针对直肠肿瘤模型。首先对CT文件进行整理，使用SimpleITK读取CT文件，读取肿瘤的掩膜文件并映射到肿瘤CT图像来获取肿瘤区域，然后进行数据的归一化，预处理后制作训练和测试的数据集。 +使用**PyTorch框架**编写。使用**交叉熵损失函数**，**Adam优化器**。 +网络结构采用**U-Net**，**U-Net**是基于FCN的一种语义分割网络，适用于做医学图像的分割。结构如下，实际使用稍有改动。 + + +训练过程如下： + + +## 后端 +整个系统采取前后分离的方案，确保足够轻量，低耦合。后端采用Python的Flask库，能与AI框架更好的结合，使得系统能更高内聚。 +后端运行流程如下： + + +目录管理： +| 目录 | 功能 | +| ---- | ---- | +| uploads | 直接上传目录 | +| tmp/ct | dcm文件副本目录 | +| tmp/image| dcm读取转换为png目录| +| tmp/mask | 预测结果肿瘤掩膜目录| +| tmp/draw | 勾画肿瘤后处理结果目录| + +## 系统截图 + + + From a19d814e189f300198a33d01d85acdab7b48d07d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?=E5=B0=8F=E9=93=AD?= <1223398803@qq.com> Date: Mon, 16 Mar 2020 17:56:11 +0800 Subject: [PATCH 5/6] Update README.md --- README.md | 2 ++ 1 file changed, 2 insertions(+) diff --git a/README.md b/README.md index dd2ae8c..36f7ffd 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -3,6 +3,8 @@ 系统以图像分割为核心，利用人工智能完成肿瘤区域的识别勾画并提供肿瘤区域的特征来辅助医生进行诊断。有完整的**模型构建、后端架设和前端访问**功能。 医生只需通过web上传ct图像文件，后台就会使用训练好的模型进行肿瘤区域的分割，然后将勾画好肿瘤区域的图像返回，还有肿瘤区域的一些特征（如面积、周长、强度等），并且提供前几次诊断的特征数据并绘制成图表进行对比来辅助医生诊断。 + +# 有问题请提issue或者加群精英码农批发 ## 环境 - Python3.6 : **PyTorch , OpenCV , Flask** - Vue , Vue CLI From 50e254a19ca25b877b61068f7ec7e83f561b958f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?=E5=B0=8F=E9=93=AD?= <1223398803@qq.com> Date: Mon, 16 Mar 2020 18:19:12 +0800 Subject: [PATCH 6/6] Update README.md --- README.md | 4 +++- 1 file changed, 3 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/README.md b/README.md index 36f7ffd..057bd5a 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -4,7 +4,9 @@ 医生只需通过web上传ct图像文件，后台就会使用训练好的模型进行肿瘤区域的分割，然后将勾画好肿瘤区域的图像返回，还有肿瘤区域的一些特征（如面积、周长、强度等），并且提供前几次诊断的特征数据并绘制成图表进行对比来辅助医生诊断。 -# 有问题请提issue或者加群精英码农批发 +# 有问题请提issue或者加群精英码农批发 +# 觉得不错欢迎给star⭐哦 + ## 环境 - Python3.6 : **PyTorch , OpenCV , Flask** - Vue , Vue CLI